电商店铺收入按哪个口径申报？

建议以平台结算口径为基础，结合银行到账与开票数据做差异说明。先明确退款、佣金、平台补贴的处理方式，形成固定的对账表，后续每月按同一口径更新，遇到核查可直接调取。

多店铺、多主体经营，收入必须合并到一家公司吗？

不必。关键是按业务实质拆分，让每个主体对应明确的店铺与职能，收入与成本在同一主体内闭环，关联交易按独立交易原则定价并留存说明。